西式學(xué)術(shù)體系的哲學(xué)、方法論和科學(xué)原則，分別是上帝人、笛卡爾分解方法論和原子粒子論，這是其學(xué)術(shù)基礎。在這種基礎上衍生出來(lái)的學(xué)科分類(lèi)及研究?jì)热荩c舊國學(xué)的天道系統哲學(xué)方法論所衍生出來(lái)的學(xué)術(shù)體系是沖突的，無(wú)論在自然科學(xué)領(lǐng)域和社會(huì )科學(xué)領(lǐng)域甚至宗教領(lǐng)域，這種沖突的表現是很明顯的。
舊國學(xué)中存在不少有價(jià)值的內容，特別是通過(guò)一些經(jīng)驗性案例所總結出來(lái)的規律，但是，由于舊國學(xué)中基本不存在數學(xué)物理等數理模型和量化支持，這使得靠經(jīng)驗總結出來(lái)的那些典籍很少能經(jīng)得起西式方法的推敲，更兼舊國學(xué)之權力權威性、隱喻糊弄性遍布其中，更使得對其研究所需精力的效益比得不償失，還不如另起爐灶。
近百年來(lái)，無(wú)數即便有志于研究舊國學(xué)的具有水平的學(xué)者也無(wú)法找到西學(xué)模式的研究歸納途徑和方法，上述就是其根本原因。
所以，在使用西式體系歸納舊國學(xué)時(shí)，研究到后來(lái)的結局，就是又回到以各類(lèi)古舊權威“子”“圣”“師”為導向分類(lèi)的老路上去，這又為牟利學(xué)者提供了更多的資財，最終形成了惡性循環(huán)。
所以，采用西式體系來(lái)分類(lèi)的話(huà)，結局往往只有兩種，一是舊國學(xué)不具備太大太多的價(jià)值，二是看著(zhù)某些地方似乎有用，卻說(shuō)不出其中的量化和數理之道理。
但是，采用基元學(xué)分類(lèi)法的話(huà)，則能較為清晰地理順其中的關(guān)系，因為基元學(xué)采用的方法論是兼容西式科學(xué)體系的，也即，將事物分解模式的西式體系被納入到系統論原理中，基元方法論采取的是系統整體視野、系統分解視野、系統關(guān)聯(lián)視野這三種方法，更為關(guān)鍵的是，基元學(xué)確立了什么是系統、系統的形成和構建原理，解決了當今科學(xué)界最為疑云的“系統”內在規律。
對舊國學(xué)來(lái)說(shuō)，比較欣慰的是，西式科學(xué)在社會(huì )學(xué)領(lǐng)域尚未建立起嚴密的邏輯體系，其原因是西式科學(xué)雖然解決了物理數學(xué)和原子粒子等自然科學(xué)領(lǐng)域的難題，但是在“人”這個(gè)動(dòng)物的研究上，沒(méi)有真正找到經(jīng)得起推敲的數理模型和量化依據。同時(shí)，西式社會(huì )學(xué)也沒(méi)有完成將社會(huì )學(xué)與宗教神學(xué)進(jìn)行分離的方法和依據。
這些，正是舊國學(xué)一息尚存的內在原因，基元學(xué)起始于對舊國學(xué)的研究、脫胎于新國學(xué)的升華，而且，在新國學(xué)基元學(xué)建立的過(guò)程中，仙佛修煉方法對意識思維的產(chǎn)生和肉體感受起到了不少作用，使之獲得了很多量元和靈感。